利用手引書 －利用およびジョブ実行編－ 1.53版

目次:

• 1. はじめに
  • 1.1. 本資料の目的
  • 1.2. 本書で使用する表記
  • 1.3. 略称、別名について
  • 1.4. 商標について
  • 1.5. 更新履歴
• 2. 利用方法
  • 2.1. 概要
  • 2.2. マニュアル
• 3. 利用規則
  • 3.1. 概要
  • 3.2. 利用規模／利用環境
    • 3.2.1. 利用可能なジョブ規模
  • 3.3. ローカルアカウント管理
    • 3.3.1. ログイン
    • 3.3.2. クライアント証明書による認証
    • 3.3.3. プロジェクト責任者の責任範囲
    • 3.3.4. 更新処理
  • 3.4. リソース
    • 3.4.1. 計算ノード
    • 3.4.2. ジョブ投入数の確認
    • 3.4.3. リソースグループの使用方法
    • 3.4.4. リソースグループの利用状況
    • 3.4.5. ディスク
    • 3.4.6. ファイル作成とストライプ設定
    • 3.4.7. ファイルシステム
    • 3.4.8. グループ
    • 3.4.9. 並列ジョブの種類
    • 3.4.10. ログインノード
    • 3.4.11. I/Oノード
    • 3.4.12. ユーザープログラムが利用可能なメモリ量の見積り
    • 3.4.13. 計算資源の利用の定義
• 4. システム利用
  • 4.1. 概要
  • 4.2. クライアント証明書のインストール
    • 4.2.1. Firefoxへの証明書のインストール（Windows）
    • 4.2.2. Firefoxへの証明書のインストール（Mac）
    • 4.2.3. Chromeへの証明書のインストール（Windows）
    • 4.2.4. Chromeへの証明書のインストール（Mac）
  • 4.3. 富岳ウェブサイトへの接続手順
  • 4.4. ログイン
    • 4.4.1. 鍵ペア（秘密鍵／公開鍵）の作成
    • 4.4.2. 公開鍵登録
    • 4.4.3. アクセス方法
    • 4.4.4. ファイル転送方法
    • 4.4.5. ログインシェル
    • 4.4.6. 「富岳」運用情報のメール配信
    • 4.4.7. ディレクトリおよびファイルのパーミッション管理
  • 4.5. ノード使用状況確認
  • 4.6. モジュールパッケージ
    • 4.6.1. moduleコマンド
    • 4.6.2. コマンドの使用例
    • 4.6.3. 言語環境の切換方法
• 5. ジョブ実行
  • 5.1. 概要
    • 5.1.1. ジョブとは
    • 5.1.2. ジョブの種類
    • 5.1.3. ジョブスクリプトの作成
    • 5.1.4. ジョブスクリプトの雛形作成コマンド
    • 5.1.5. ジョブ振り分け運用
  • 5.2. 通常ジョブ
    • 5.2.1. ジョブの投入
    • 5.2.2. ジョブ実行結果の参照
    • 5.2.3. 統計情報
  • 5.3. ステップジョブ
    • 5.3.1. ジョブ投入
    • 5.3.2. ステップジョブオプション
    • 5.3.3. サブジョブID
    • 5.3.4. ジョブ実行結果の参照
    • 5.3.5. 依存関係のあるジョブ投入例
  • 5.4. バルクジョブ
    • 5.4.1. ジョブの投入
    • 5.4.2. バルクジョブスクリプト
    • 5.4.3. サブジョブID
    • 5.4.4. ジョブ実行結果の参照
  • 5.5. 会話型ジョブ
    • 5.5.1. ジョブの投入
    • 5.5.2. コマンド形式
    • 5.5.3. コマンドのオプションブロック
    • 5.5.4. スクリプトファイルブロック
  • 5.6. ワークフロージョブ
    • 5.6.1. ジョブの投入
  • 5.7. マスタ・ワーカ型ジョブ
    • 5.7.1. ジョブの投入
    • 5.7.2. ワーカプロセスの動的生成
    • 5.7.3. Agentプロセスによるワーカプロセス生成
    • 5.7.4. pjaexeコマンドによるワーカプロセス生成
    • 5.7.5. ジョブ作成における注意事項
    • 5.7.6. システム異常時の影響
  • 5.8. 環境設定
    • 5.8.1. 動的ライブラリの検索負荷を削減するツール（sort_libp）
  • 5.9. ジョブ実行コマンドのオプション
    • 5.9.1. 基本オプション
    • 5.9.2. リソース指定
    • 5.9.3. MPIオプション
    • 5.9.4. ジョブ統計情報
    • 5.9.5. ジョブスクリプト内環境変数
    • 5.9.6. MPIプロセスに設定される環境変数
    • 5.9.7. 実行開始時刻の指定
  • 5.10. ラージページ領域割当て
    • 5.10.1. 概要
    • 5.10.2. ラージページライブラリ設定用環境変数
    • 5.10.3. ラージページライブラリのリンク
    • 5.10.4. メモリ断片化の影響緩和
  • 5.11. CPUコアとメモリのバインド
  • 5.12. ジョブ状態の表示
    • 5.12.1. 通常ジョブ
    • 5.12.2. ステップジョブ
    • 5.12.3. バルクジョブ
    • 5.12.4. 計算リソース
    • 5.12.5. ジョブ統計情報
    • 5.12.6. ジョブ状態表示コマンドのオプション
  • 5.13. ジョブの削除
    • 5.13.1. 通常ジョブ
    • 5.13.2. ステップジョブ
    • 5.13.3. バルクジョブ
    • 5.13.4. ジョブ削除コマンドのオプション
  • 5.14. ジョブ操作の留意事項
    • 5.14.1. ジョブの削除 (pjdel)
    • 5.14.2. ジョブの固定 (pjhold)
    • 5.14.3. ジョブの固定解除 (pjrls)
    • 5.14.4. ジョブの待ち合わせ (pjwait)
    • 5.14.5. ジョブに対するシグナル送信 (pjsig)
    • 5.14.6. ジョブのパラメーター変更 (pjalter)
  • 5.15. カスタム資源の利用
    • 5.15.1. 機能概要
    • 5.15.2. 確認方法
    • 5.15.3. 割り当て方法
  • 5.16. ジョブ異常終了時の確認
    • 5.16.1. ジョブマネージャの終了コード
    • 5.16.2. ジョブ実行時に出力されるメッセージ
    • 5.16.3. PJM 0079 ERROR REASON一覧
    • 5.16.4. CPUクロック変更（パワーキャッピング）
  • 5.17. サンプルスクリプト
    • 5.17.1. 通常ジョブ（逐次プログラム）
    • 5.17.2. 通常ジョブ（MPI／2次元形状）
    • 5.17.3. 通常ジョブ（MPI／3次元形状）
    • 5.17.4. 通常ジョブ（スレッド並列（自動並列））
    • 5.17.5. 通常ジョブ（スレッド並列（OpenMP））
    • 5.17.6. 通常ジョブ（フラットMPI／1次元形状）
    • 5.17.7. 通常ジョブ（ハイブリッド並列）
  • 5.18. TofuD TNR 統計情報の取得
  • 5.19. 障害の影響を受けたジョブ一覧表示コマンド
    • 5.19.1. job_events
    • 5.19.2. show_evict_node
  • 5.20. 留意事項
    • 5.20.1. pjrshコマンドの使用方法
    • 5.20.2. スタートアップ課題 (trial) におけるジョブ実行
• 6. MPIジョブ実行
  • 6.1. 概要
  • 6.2. 実行コマンドの形式
  • 6.3. バックグラウンドジョブの実行方法
    • 6.3.1. バックグラウンド実行
    • 6.3.2. ジョブ作成例
    • 6.3.3. バックグラウンド実行時の留意事項
  • 6.4. 標準出力／標準エラー出力／標準入力
    • 6.4.1. 標準出力／標準エラー出力／標準入力の指定方法
    • 6.4.2. オプション指定による出力表
    • 6.4.3. 大規模ジョブ実行時の標準出力／標準エラー出力の指定について
  • 6.5. MPIジョブ投入時の指定
    • 6.5.1. 静的プロセスの形状指定
    • 6.5.2. 静的プロセスの最大数指定
  • 6.6. ランク割り当て
    • 6.6.1. rank-map-bynode
    • 6.6.2. rank-map-bynode（1次元）
    • 6.6.3. rank-map-bynode（2次元）
    • 6.6.4. rank-map-bynode（3次元）
    • 6.6.5. rank-map-bynode（ノード内複数プロセス指定（1次元））
    • 6.6.6. rank-map-bychip
    • 6.6.7. rank-map-hostfile
    • 6.6.8. rank-map-hostfile（1次元）
    • 6.6.9. rank-map-hostfile（2次元）
    • 6.6.10. rank-map-hostfile（3次元）
    • 6.6.11. rank-map-hostfile（ノード内複数ランク指定）
    • 6.6.12. rank-map-hostfile／rank-map-bychip（ノード内複数ランク指定）
    • 6.6.13. ホストマップファイル利用時の注意事項
  • 6.7. ジョブ形状（トーラス）
  • 6.8. ジョブ投入コマンドのオプション（MPI）
  • 6.9. 動的プロセス生成（MPI_COMM_SPAWN）
    • 6.9.1. ジョブ実行方法
    • 6.9.2. Javaプログラムからの実行
    • 6.9.3. 注意事項
  • 6.10. ランク問い合わせ関数
    • 6.10.1. MPI_COMM_WORLD に指定した論理次元数と論理形状問い合わせ機能
    • 6.10.2. ランク番号によるMPIプログラムの論理座標問い合わせ機能
    • 6.10.3. 論理座標によるMPIプログラムのランク番号問い合わせ機能
    • 6.10.4. 関数使用例
  • 6.11. MPI統計情報
    • 6.11.1. 全体モード
    • 6.11.2. 区間モード
  • 6.12. MPIの集団通信アルゴリズム（knomial, rabenseifner）
    • 6.12.1. アルゴリズムの指定方法
• 7. 電力制御機能
  • 7.1. 概要
  • 7.2. パワーモード指定（ジョブ実行時のパワーノブ操作）
    • 7.2.1. 機能概要
    • 7.2.2. 使用例
  • 7.3. Power API
    • 7.3.1. 機能概要
    • 7.3.2. Power APIプログラムの作成方法
    • 7.3.3. プログラム内からのPower APIの利用方法
    • 7.3.4. 電力計測点
    • 7.3.5. 電力制御点
    • 7.3.6. 留意事項
• 8. 階層化ストレージ
  • 8.1. 概要
    • 8.1.1. IO時間の短縮と領域の選択
    • 8.1.2. 全プロセスから共通ファイルへの一斉アクセス
  • 8.2. FEFS/LLIOへのファイル操作について
    • 8.2.1. １ファイルに対して１プロセスから書込む場合
    • 8.2.2. １ファイルに対して複数プロセスから書込む場合
    • 8.2.3. ファイル名変更
    • 8.2.4. ファイル削除
  • 8.3. 第2階層ストレージのキャッシュ領域
    • 8.3.1. 第2階層ストレージのキャッシュの容量
    • 8.3.2. 第2階層ストレージへの書出しタイミング
    • 8.3.3. ストライプ機能
    • 8.3.4. 非同期クローズ/同期クローズ
    • 8.3.5. 共通ファイル配布機能 (llio_transfer)
    • 8.3.6. ジョブ投入時（pjsub --llio）のオプション
  • 8.4. ノード内テンポラリ領域
    • 8.4.1. ノード内テンポラリ領域の容量
    • 8.4.2. 利用方法
    • 8.4.3. ジョブ投入時（pjsub --llio）のオプション
    • 8.4.4. 計算ノード内のキャッシュに関連するオプション
    • 8.4.5. ノード内テンポラリ領域の活用例
  • 8.5. 共有テンポラリ領域
    • 8.5.1. 共有テンポラリ領域に対するストライプ設定
    • 8.5.2. 共有テンポラリ領域の容量
    • 8.5.3. 利用方法
    • 8.5.4. ジョブ投入時（pjsub --llio）のオプション
  • 8.6. 留意事項
    • 8.6.1. 高並列ジョブ(1000並列以上)の注意点
    • 8.6.2. MPI-IO
  • 8.7. I/Oのプロファイリング
    • 8.7.1. LLIO性能情報
    • 8.7.2. Darshan
  • 8.8. I/Oの最適化
    • 8.8.1. LLIO性能情報を用いたボトルネックの分析
    • 8.8.2. Darshanを用いたI/Oの分析
  • 8.9. 利用ファイルシステム(volume)の選択
    • 8.9.1. 環境変数およびpjsubオプション
    • 8.9.2. ジョブ投入方法
• 9. 他システムからの移行
  • 9.1. 概要
  • 9.2. 「京」からの移行
  • 9.3. 富士通製他システムからの移行
    • 9.3.1. オプション差異
    • 9.3.2. 最適化指示子（OCL）差異
  • 9.4. 他社システムからの移行
  • 9.5. エンディアン
    • 9.5.1. 概要
    • 9.5.2. 対象コンパイラ